プレステエミュでDirectXやOpenGL対応プラグインを使えばポリゴン部分やある種のエフェクトが非常に綺麗になります。
しかしそれ以外の2Dの部分はもともと低解像度で作られているためPCの高解像度のモニタで見るとドットが目立ち、カクカクしているように見えます。
それをできるだけ滑らかに見せるためにPete's GPUやP.E.Op.S Softなどには補完フィルタがあります。
P.E.Op.S Soft GPU 1.10からストレッチ時に他の2DエミュでおなじみのSuperEagleなどの補完フィルタが使えるようになりました。
いろいろ種類があるのでOpenGLのフィルタも含めて比較してみました。
個人的おすすめ：640x480くらいのときや高速なCPUを使っているとき→P.E.Op.S
SoftでSuper2xSaI。
1024x768以上のときや高速なビデオカードを使っているとき→Pete's
OpenGLでHi-Res texture。好みでtexture filteringやScanline。
私は2DのゲームではPete's OpenGLで1024x768,Hi-Res textue,Scanline(-1)を使います。
640x480以上の解像度ならいくら解像度を上げても2Dの綺麗さはたいして変わりません。
私が1024x768を良く使ってるのは液晶モニタのため、規定解像度以外はボケるのがいやだからです。
下図左から5つはP.E.Op.S Soft GPU 1.10、右から5つはPete's OpenGL1.67（一番右は1.71から使えるHi-res textureのStretched）
ビデオカードはGeforce4ti4200。
ちなみにnVidiaのビデオカードはDirectDraw使用ゲームにおいて自動でフィルタがかかり画像がボケます。
解像度640x480、F8でなくprintscreenでキャプチャ。
ソフトはドラクエ4、上段はテクスチャ（ポリゴンの表面の模様）、下段は2Dのドット絵。
サンプルにドラクエを選んだ理由は3Dと2D両方使ってるため3D、2D両方の比較ができるからです。
通常P.E.Op.S Soft GPUは2Dゲームで使うので、ドット絵である下段を重視したほうがいいでしょう。
左から、システムメモリ使用（nvidiaのボケ消し)、2xSaI、Super2xSai、SuperEagle、通常のストレッチのみ（nVidiaカードのボケがでている）、
OpenGL（デフォルト)、OpenGLでHi-res Texture(1:2xSai)使用、OpenGLでデフォルト＋Texture Filteringの６、
OpenGLでHi-res(1:2xSai)+Filter6、OpenGLでHi-res(2:Stretched)
P.E.Op.S SoftのFilterは全部Streching（画面全体に拡大）のほうです。Unstrechedは画面全体に拡大されないだけで中身は一緒です。
nVidia以外のカードではシステムメモリ使用のチェックなしでも一番左が通常の画像だと思います。
2倍
P.E.Op.S Soft GPU 1.10のストレッチモードについて
3D部分ではどうフィルタをかけてもOpenGLには適いませんが、2DではOpenGLに負けません。
どのモードでもnVidiaカードのボケよりはボケが少ない。Super2Saiが重いだけあって一番きれい。
多少のボケはあるのでくっきりが好きならフィルタを使わないほうがいい。
nVidiaカード使用時は「システムメモリを使用」にチェックする必要があるが。
OpenGLではテクスチャがSoftGPUに比べて圧倒的にきれいです。
ドット絵はきれいになりませんが、Hi-res textureにチェックをすることできれいになります。
テクスチャフィルタはボケが大きいですが、Hi-res textureと併用すれば相当きれいになります。
重いですが参考に(1024x768)
OpenGLの（デフォルトの画質重視のみ）のフルスクリーン
OpenGLでHi-res textureチェックのフルスクリーン
OpenGLでtexture filteringで６を指定した場合のフルスクリーン
OpenGLでHi-res texture+texture filtering6のフルスクリーン
Hi-Res textureの2xSaiとStretchedについて
Pete's OpenGL1.70からHi-Res textureが2xSaiとStretchedの2種類になりました。
画質は2xSaiのほうが上ですが、速度はStretchedのほうが上です。
2倍に拡大
2xsaiで一部の画面で格子状の線が出る現象はStretchedでは起こりません。
2Dの高解像時でも比較してみました。1024x768 ゲームはジョジョの奇妙な冒険(2D格闘ゲーム)
通常はドットが拡大されるだけできれいになりませんが、補完処理がかかったときどうなるかの比較です。
通常この解像度でSoftGPUを使うことはないので、他は省略して最高画質のSuper2xSaIでのみ比べています。
右に行くほど自然な補完になっています。（一番右は除く）
しかし1024x768のSoftGPUのSuper2xSaIは重すぎです。（鱈celeron1.3GHz）
それに比べてOpenGLのHi-res texture+texture filtering6は実用に耐える速度でした。(Geforce4ti4200)
(フィルタをかけるとスタンドが動くとスタンドの形がおかしくなってました。本体は大丈夫なのに）
OpenGLのMiscのScreen smoothing、Scanline、Scanline(Monitor dot matrix)も比べてみました。
個人的見解ですが、Hi-Res texture & Scanline(Monitor dot Matrix)がきれいに見えます。
(フィルタで補完をかけるより、スキャンラインでの目の錯覚による脳内補完のほうがきれいに見える)
P.E.Op.S Soft GPUのディザリングの比較。ディザリングとはこちら
下に行くほどグラデーションが綺麗になりますが、重くなります。
| ディザリングなし |  |
 |
| ディザリング１ Game depended dithering |
 |
 |
| ディザリング2 Always dither g-shaded polygons |
 |
 |
2Dでは目の錯覚の脳内補完が一番とするとTV出力が一番きれいかもしれません。
CX25871(Geforce4ti）+TVtoolのTV出力は相当きれいです。
参考：GeForceメモ、【デジタルAVライフ】ﾋﾞﾃﾞｵｶｰﾄﾞのTV出力 part2
